2020/4/14華盛頓郵報在一篇題為Opinion: State Department cables warned of safety issues at Wuhan lab studying bat coronaviruses的投書中披露，2018年1月到2018/3/27（有報導這是那個階段最後一次訪問的日期），美國駐北京大使館曾多次派遣科學外交官前往中科院武漢病毒研究所訪問；就訪問所見發了2封（◆有報導第1封於1/19發出）歸類為敏感但非機密的電報回華盛頓，對實驗室在安全和管理方面的弱點提出警告，並建議給實驗室更多關注與協助。在第一封電報中也警告該研究所對蝙蝠冠狀病毒傳染給人類可能性之研究，存在導致一場新的類SARS大流行的風險。這2封電報近期在美國政府內部傳閱後引發討論；雖然没有實錘証據，有些人懷疑武漢病毒研究所和武漢市CDC一個離華南海鮮批發市場不遠的實驗室，是否是病毒的來源？
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武漢病毒研究所P4實驗室在興建與啟用過程二、三事 生物安全四級（BSL-4）是為了處理、研究可能經由氣溶膠傳播，最危險而且仍無有效疫苗或治療藥物之病原體，例如埃博拉病毒、馬爾堡病毒、克里米亞-剛果出血熱病毒等等而設定的實驗室安全措施等級。全世界目前大約有55個BSL-4實驗室。 在SARS疫情進入尾聲的2003/7/24，中科院與武漢市政府簽訂共建生物安全四級（P4）實驗室協議書，預計2006年投入運轉→之後中、法2國於2004年10月簽訂合作防控新發傳染病協議，包括法國協助中國設計、建造一個BSL-4實驗室→經過幾度研修原協議內容後，2008年中法雙方聯合成立指導委員會→2010年法國政府通知WHO開始合作作業→在位於法國里昂的國際傳染病研究中心（Centre International de Recherche en Infectiologie）統合下，大約有15家法國專業的中小企業對設計、建造、設施設備安裝、工作人員培訓、試運行全程提供協助；由中、法雙方合作，採用里昂P4實驗室盒中盒的理念設計，實際建造與設施安裝由中國廠商負責→2014年底完成實驗室建設，2015/1/31揭牌，展開聯機聯調和試運行→2015年，由法國外交部長於2008年任命的指導委員會法方共同主席Alain Mérieux，因為中法合作前景不如意宣佈辭職，表示實驗室雖然在法國技術協助下與建，但歸中方擁有，里昂P4和武漢P4仍會密切合作→2016/6/16舉行中法2國代表驗收儀式→2017/2/23在法國總理Bernard Cazeneuve親臨武漢P4實驗室的儀式上，中國合格評定國家認可委員會（China National Accreditation Service for Conformity Assessment–CNAS）秘書長向實驗室頒發於1月份通過審查的實驗室認可証書；法國衛生部長在儀式上宣佈，法國將派遣50名法國研究人員在武漢P4駐留5年，為實驗室工作人員提供技術專長和培訓，以提高實驗室的生物安全水平，並啟動一項聯合研究計劃，不幸這項宣佈未能實現→中國科學院武漢分院2018/1/5宣佈，P4實驗室日前通過國家衛計委病原活動資格審批，正式投入運行；將以公開、透明、共用為運行的基礎，國內外科學家可向實驗室科學委員會和生物安全委員會申請，按照審批流程進入P4實驗室開展科學研究。 從上述歷程可見法、中雙方可能合作得不順利不愉快，有若干先進國家同業對武漢實驗室之可靠性存有疑慮乃事所必然。知道這點，就不會對2018年1月到3/27，美國駐北京大使館多次派遣科學外交官前往中科院武漢病毒研究所訪問一事覺得奇怪。 法國有關人士透露，中法傳染病防控聯合委員自2016年開始就没有開過會，2017/2/23所說的50名法國研究人員從未離開法國，法國提供給該項目的500萬歐元經費將繼續凍結。 有報導武漢P4實驗室運維團隊的人員從2005年實驗室籌建開始逐步招聘到崗，期間經過長期培訓，其中部分核心人員曾分別被派送到法國里昂、美國、澳洲、加拿大的P4實驗室進行培訓，然後在武漢P4實驗室演練各類實驗活動、熟悉實驗環境與設備操作、模擬各類意外事故…，通過考核才能獲得上崗資格。 有法國媒體報導：由於法國資助中國成立的幾個P3實驗室其運作透明度都很低，有不少法國人士曾憂慮P4項目會有同樣下場而反對與中國合作興建。有法國專家透露法國在合作中一直處於弱勢，因為法國政府承受不起停止項目後中國的經濟報復。一名法國外交官承認天真，錯信中國會遵守協議上的書面保證。 有報導中國到2025年將建立5至7個BSL-4實驗室：中國農業科學院哈爾濱獸醫研究所國家動物疫病防控高級別（P4）生物安全實驗室2004年9月通過科技部高等級微生物實驗室建設審查論證→2012年完成施工設計並開工建設→2015年12月建成並通過工程驗收→2018年7月獲得中國合格評定國家認可委員會（CNAS）認可→2018/8/7舉行認可證書授予儀式開始投入運行，可開展包括馬、牛、羊、豬、禽類及鼠、猴等常規實驗動物在內的所有動物感染試驗；有說該實驗室全由中國自行設計建造。接下來2個預計將在北京和昆明設立，後者專注於使用猴子模型研究疾病。有專家認為目前中國不需要那麼多個BSL-4實驗室，這種擴張只是對美國和歐洲BSL-4實驗室網絡的競爭性反應。也有報導武漢P4實驗室遠未全速運轉。 有專家認為開放的文化（多樣性觀點、每個人都可以自由發言的扁平組織結構、信息的開放性…）對於保證BSL-4實驗室的安全非常重要，在社會仍強調等級制度、過度尊崇權威的中國，實驗室運作的風險可能高於美歐地區。 2020/7/16騰訊網、知識份子、企鵝號平台分享了一篇文章，本文借來做為本節結尾，關心中國生物實驗室發展情況的朋友不妨抽空閱讀。 各地爭建P3實驗室：誰來用？養得起嗎？https://new.qq.com/omn/20200716/20200716A0HCSU00.html 武漢病毒研究所  |
4/16法國呂克･蒙塔尼耶教授［Luc Montagnier（1932/8/18-2022/2/8）因為在1983年發現HIV病毒，與其同事Françoise Barré-Sinoussi（協同發現HIV病毒）、以及另1位發現 HPV16 and HPV18病毒為子宮頸癌成因的德國教授，3人共同獲得2008年諾貝爾生理∕醫學獎；2010/11/18受聘擔任上海交通大學全職教授，交大為其在生命科學技術學院創建蒙塔尼耶生物醫學研究所，支持其團隊繼續有關DNA在水中產生電磁波現象的研究工作，嚐試能否將其轉變為醫學應用］在接受法國Cnews電視台採訪時表示，經過仔細分析，高度懷疑在SARS-CoV-2基因组中存在HIV RNA片段和虐疾細菌元素的現象、以及病毒特徵為自然產生，這種情況很可能是實驗室中專業人員為了研發HIV∕AIDS疫苗而精細工作的結果，不幸自實驗室中意外釋出。蒙塔尼耶教授的說法迅速受到許多科研同業反駁，認為人工做不出來那種基因序列組的變異。
◆聽起來反駁蒙塔尼耶教授意見者似乎全都多次努力做過同樣的變異嚐試，但一再失敗。雖然今後若有人在實驗室內成功製造出SARS-CoV-2，也不能真正証明2019年武漢的SARS-CoV-2為實驗室製造；但若成功的方法在2019年為可能達成，就提高了2019年武漢或某實驗室成功製造SARS-CoV-2的可能性。◆有趣的是一篇報導引述了蒙塔尼耶教授一段話「…the altered elements of this virus are eliminated as it spreads: “Nature does not accept any molecular tinkering, it will eliminate these unnatural changes and even if nothing is done, things will get better, but unfortunately after many deaths…In any case, the truth always comes out…」；不曉得迄今為止，SARS-CoV-2變異株的基因序列，在教授所稱的非自然改變（貼補片）部份，是否逐代出現消除（脫落）的現象？◆從蒙塔尼耶教授的語意看，雖然他認為SARS-CoV-2很可能來自實驗室洩露，但似乎完全没有指責實驗室的意思。
2020/4/17澳洲內政部長（3/13確診新冠肺炎，隔離治療26天後康復）在接受澳大利亞天空新聞和九號電視台（Nine Network）採訪時提出，中國應答覆新冠肺炎病毒的來源問題，並指中方應體現透明度，告訴我們發生了什麼。此後澳大利亞外長和總理相繼表示澳洲政府希望對中國新冠病毒來源等問題進行國際獨立調查，盡可能避免將來重蹈覆轍。澳洲總理還於4/22日通過推特透露，他已與美國、法國和德國等多國領導人通電話，希望他們支持在5月份的世界衛生大會中提案對新冠疫情展開獨立國際調查。◆任何重大國際事故的受害者希望對該事故進行國際獨立調查乃人情之常，只是實務上如果中國政治、公衛、有關科研部門不真誠合作的話，獨立調查無法進行。◆有些人認為世衛組織行事常受中國過度影響，若疫情調查工作由世衛領導，調查過程與結果可能不夠客觀公正，希望調查工作能獨立於WHO之外。◆有報導稱美國積極支持獨立調查，但正苦於抗疫的多數國家雖然支持調查之原則與方向
，卻不希望看到國際社會因為疫情調查事務引發激烈辯論而分裂，態度比較謹慎。
2020/4/21美國加州Santa Clara County法醫∕驗屍官（medical examiner-coroner）宣佈，2名2020/2/6、2/17因流感在家死亡者遺體的組織樣本在送請美國CDC檢驗後，確認對SARS-CoV-2 呈陽性反性；此外確認另一例於3/6因流感死亡的該郡居民亦感染新冠病毒。次日加州州長下令全州法醫∕驗屍官重新檢討追溯到2019年12月的屍檢，以更深入了解新冠疫情大流行在什麼時候開始影響加州人民；檢討結果在County of Santa Clara COVID-19 website即時更新。4/24 Santa Clara County驗屍官辦公室在一封發給the Board of Supervisors的信中說，對29名在死亡時出現流感樣症狀的人進行了SARS-CoV-2檢測，其中9人的檢測結果呈陽性；但9人的死亡日期都晚於2/6。◆原先美國公佈的第一個新冠肺炎死亡病例其死亡日期為2/29。◆本文未追踪加州重新檢視驗屍記錄的結果。◆若新冠病毒在中國武漢地區從2019年12月上旬開始出現可見的傳播現象，美國舊金山地區在2021年1月中旬前後有人感染病毒，並非不可思議。◆美國同胞只要不失去這種追根究底的求真精神，科學發展就不會衰落、謊言欺騙就比較不容易長期得逞。◆中國共產黨有不少長處，本文認為其重大短處之一是經常在許多場域為了本身的政治目的不准許人民求真，這種情況比許多先進國家嚴重得多；本部落格以後會簡單討論一下這個問題。
4/23中國外交部發言人表示中國對疫情始終秉持公開、透明、負責的態度，而澳洲卻藉著倡議國際獨立調查進行政治操弄、干擾國際疫情防控合作，是不得人心的，澳洲應該結束意識型態偏見。◆由專家團隊獨立調查病毒來源的主張，為什麼是意識型態偏見？由獨立國際科研團隊參與疫情溯源工作為什麼會干擾國際疫情防控合作？就算澳洲這個主張真有政治意圖，中國外交部也不難有比較高明服眾的回應方式。
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意識型態偏見 不曉得在多元意見基本上自由並存，由人民自行判斷選擇相信什麼；和在千秋萬世一黨專政、人民基本上不得妄議中央這兩種社會中，那一種比較容易出現偏見？ 自由民主社會並非不會出現集體偏見，甚至多數或主流意見最後也可能被証實為錯誤，但與非自由民主社會比較起來… |
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政治部門想利用新冠病毒專業議題進行政治鬥爭，但專業部門不支持 大家都知道在一個健康的社會，不管自己懂不懂，任何人都可以憑感覺對任何議題表達自己的感受、看法、甚至主張，專家們則努力用合乎邏輯的常識性（科普性）語言說明現象、解釋現象演變或未來可能演變的因果關係，說服大眾接受對問題最合理或比較合理的解決方案。 本文已經搞不清楚誰先誰後、誰攻擊誰防守帶反攻了，中、美2國的政治部門都想利用新冠病毒溯源問題取得政治利益，在鬥爭過程中都要求或希望專業部門提供理論支持。從上一段敘述中可以明顯看到中國公衛∕生技專業部門基本上没有為中國政治部門提供公開支持，但政治部門依然衝鋒向前。而從前2篇與本篇的敘述可知，美國專業部門為其政治部門提供支持的人數很零星，主流意見甚至多次集體公開反對政治部門的做法。 |
4/24在總統示意下，美國國立衛生研究院（NI H）以不認為研究結果符合計畫目標和NIH工作的優先性，通知生態健康聯盟（EcoHealth Alliance–EHA），資助武漢病毒研究所進行蝙蝠與新冠病毒研究的經費已被取消。◆本文不認為形成美國總統這項指示的「公衛專業」幕僚作業單位，會不知道中國研究伙伴對於昨日（4/23）NIH所公佈戰略計畫的重要性。
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關於NIH通過EHA資助武漢病毒研究所進行的研究 Wikipedia記載EcoHealth Alliance（EHA–生態健康聯盟）是一家總部位於美國、非營利的非政府組織，其使命是保護人類、動物和環境免受新發傳染病的侵害；專注於預防流行病和促進全球熱點地區保護的研究…。 綜合NPR（National Public Radio–全國公共廣播電台）2020/4/29之報導等多方資訊： 十多年來，EHA一直派出團隊前往中國捕捉蝙蝠，收集蝙蝠的血液、唾液和排泄物樣本，然後檢查這些樣本中是否存在可能引發下一次全球大流行的新型冠狀病毒；希望確定需要監測的位置、提出防止病毒溢出到人群中的策略、並在研製疫苗和治療方法方面更上層樓。專案計畫團隊和武漢病毒研究所已經從蝙蝠身上收集了15,000個樣本，從中確認了約400種全新的冠狀病毒，其中約50種與2002/11-2003/8爆發的SARS病毒、以及目前流行中的COVID-19病毒屬於同一類型。 研究人員證實在新發現的冠狀病毒中至少有一些能在培養皿中感染人類細胞。團隊對居住在中國不同蝙蝠洞附近的居民進行血液抽樣檢查，發現了蝙蝠冠狀病毒已經從蝙蝠溢出到人群的証據；研究顯示在中國和東南亞農村地區，每年有100-700萬人可能接觸冠狀病毒，對人類構成威脅。 這些研究能讓我們對病毒可能產生的威脅有前瞻性看法。在這次大流行開始時，武漢病毒研究所參與本研究計畫的同仁們的確從他們的蝙蝠冠狀病毒資料庫中找到了與新冠病毒非常接近的匹配。 NIH（美國國家衛生院）從2015年開始，連續5年實際提供了315萬美元給EHA進行冠狀病毒研究，其中每年約有7.6萬美元提供給武漢病毒研究所進行大量的實地樣本收集與分析。2019年NIH批准提供370萬美元經費與EHA續約5年。 由於中國團隊的蝙蝠研究項目完全由NIH經過EHA資助，在NIH於2020/4/24停給中國團隊計畫經費後，中國團隊將無法繼續進行包括田野調查的研究工作。以往美國和各國許多與EHA合作、向EHA提供資訊的國際研究工作者，可以研究中國團隊廣泛蓃集到的新冠狀病毒樣本、自由且免費取得中國團隊在研究計畫中獲得的冠狀病毒基因序列；若關閉與中國的合作計畫，美國將無法得知中國團隊研究蝙蝠冠狀病毒的情況，這將威脅美國的國家安全與公眾健康。 原本在未來4年中，EHA將深入研究中國農村社區如何接觸冠狀病毒，由人類學家試著了解那些人類行為最可能導致病毒露頭、並設計一套減少那些不當行為–譬如野生動物貿易、以及…的計畫。若無資金，EHA還將不得不放棄在中國蓃集更多樣本，以擴充冠狀病毒資料庫的計畫。 同時由於EHA自野生動物獲得的基因序列將提供給美國的實驗室，讓實驗室把資訊整合到疫苖與藥物設計中，為病毒露頭做更好的準備；資金中斷將失去整合資訊的機會，這蠻嚴重的。因為爆發另一次新的冠狀病毒流行極可能只是時間問題，設計可以同時有效應對COVID-19和其他多種類似冠狀病毒的通用型虊物和疫苗是值得追求的目標。 要研發通用型抗冠狀病毒疫苗或藥物，必須更加了解冠狀病毒物種的多樣性，中國研究伙伴在研究冠狀病毒物種的多樣性方面有很卓越的貢獻能力。 |
4/28英國BBC NEWS中文版對猜疑武漢病毒實驗室可能洩毒一事，發表了一篇報導，本文僅摘述其中幾段「…澳洲福林德斯大學傳染病專家Nikolai Petrovsky認為，科學家普遍不會對所有病毒進行完整的基因排序，病毒仍然有機會在細胞培植的過程中出現，而只有把所有細胞培植涉及的病毒都進行排序，才能得知是否與新冠病毒有關。美國羅格斯大學生物學家Richard Ebright說，中方研究人員檢測了研究所內所有蝙蝠冠狀病毒的說法不能夠被證實，懐疑他們可能只是檢測了部分病毒基因數據來得出結論；他說需要國際參與，進行全面的科學鑒識調查，包括搜集實驗室人員、環境和設施的樣本，才可以解答。美國馬利蘭州一所生化機構顧問公司的創辦人Tim Trevan表示，只有中方公開所有涉及病毒的基因排序，才能釋除外界疑慮…更多科學家認為，與實驗室有關的種種說法難以被證實，而蝙蝠在實驗室以外的地方接觸並把病毒傳染給人類，比起牽涉實驗室的機率更大…中國針對疫情、病毒來源相關資訊的不透明，成為各種陰謀論的助燃劑和美國不斷質疑中國的原因…」（◆本摘述有變動原報導的順序），建議有與趣的朋友閱讀原報導全文。 肺炎疫情：武漢實驗室再成焦點，安全性和透明度不足引發的猜測https://www.bbc.com/zhongwen/trad/science-52364155
5/2中央通訊社引述大陸媒體報導：被質疑外洩病毒，武漢病毒所專家石正麗否認叛逃https://www.cna.com.tw/news/acn/202005020128.aspx。◆近日有消息稱石正麗帶著全家人和近千份秘密檔案出逃歐洲，已經在法國向美國大使館申請庇護…。◆近日還有報導稱在2020年4月初就被中國共產黨中央紀律檢查委員會控制的中國公安部副部長孫力軍，為石正麗出逃提供假護照…。◆今日石正麗在微信朋友圈發文「親愛的朋友，我和家人一切安好！不管有多困難，都不會出現“叛逃”謠言中說的情況。我們没有做錯什麼，我們心中有對科學堅定的信念。一定會有雲開日出的一天」。
5/4澳洲總理向20國集團（G20）所有國家的領導人致信，呼籲對新冠肺炎疫情的起源問題進行獨立調查。5/8一向將販售野生動物的華南海鮮批發市場納入病毒可能起源地的澳洲總理，在下午的內閣會議後發言重申，他所呼籲進行的調查不涉及政治目的、不針對任何國家，我們只是想知道發生了什麼，以免重蹈覆轍；這是個非常誠懇的問題，出於誠懇的動機。◆雖然美國近期一直說有幾個情報來源獲得了可證明新冠病毒傳播路徑或來源的文件，指稱新冠病毒是從武漢病毒研究所釋放或洩露出來的，時任美國國務卿還指名道姓指出澳大利亞對白宮的說法表示支持，但一直未說明是什麼証據。
5/12為嚇阻澳洲於世界衛生大會（WHA）提案調查新冠肺炎起源，中國海關總署宣布對澳洲4家最大的牛肉屠宰加工業者施行進口禁令（加起來占澳洲對華牛肉出口35%）；5/18中國商務部裁定原產於澳洲的進口大麥存在傾銷和補貼，將徵收反傾銷稅和反補貼稅，反傾銷稅率為73.6%，反補貼稅率為6.9%，徵收期限5年。◆2018-19年澳洲出口到中國的商品佔其全出口的 36.1%、自中國進口的商品佔澳洲全進口商品的 24.5%［中國對澳洲經濟報復：戰略目的及有效性﹨楊雯婷﹨台灣國防安全研究院國防安全雙週報第4期（2020/6/5發行）］◆有報導在各國折衝下，澳洲於5/7轉向支持歐盟姿態比較不尖銳的類似動議草案。
5/18-19有194個會員國的WHO，其第73屆WHA全體會議於5/18以視訊會議的形式召開。中國國家主席通過遠程視訊於開幕式致詞時，稱中國的行動公開透明，堅持在疫情得到控制後才進行病毒溯源調查；還表示中國將在未來2年中向世界各國提供20億美元，以幫助應對新冠疫情、並幫助受疫情影響國家特別是發展中國家的經濟和社會發展；而且一旦有疫苗可用，就與各國分享。5/19在137個會員國（超過必須的會員國總數之2/3–130國）贊成下，通過了包括「…世衛組儘早與會員國協商，不排除運用現有機制，適當地，就自WHO協調下國際間應對COVID-19的公衛措施中所獲得的經驗與教訓，開始逐步進行公正、獨立、全面性的評估…」等條款的決議。與澳洲原先倡議的內容相較，上述主要由歐盟提出的決議文：①没提及中國或任何其他國家需要被特別審查或問責、②没提及要由獨立於WHO的調查小組進行獨立調查、③没提及調查要在何時完成，因而中國於5/19投票前也加入交付表決草案的連署。澳洲則認為決議案全文已達成其原先倡議之目標，早前即贊成此決議。◆有些人士認為中國持續發動外交與新聞媒體等力量，企圖改變新冠肺炎起自武漢的記載、並讓各國感謝中國對抗疫的貢獻；同步使國內民眾對共產黨抗疫的功勞感恩戴德。◆一般認為決議所稱公正、獨立、全面性的「評估」，可能由存在於世界衛生組織架構之內的一個「獨立」委員會執行。決議還提到由科學團隊和協同領域團隊查明新冠疾病是如何從動物傳染給人類的。◆如果視贊成與反對方就「對疫情溯源進行獨立的專業團隊調查」一案進行鬥爭，則這場鬥爭的第一回合於5/19在雙方都不失顏面的情況下結束，進入第二回合。
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美國科技部門普遍反對政治部門限制國際合作研究冠狀病毒 2020/5/20有31個科研機構代表數萬名生物醫學研究企業成員，致函國立衛生研究院（NIH）院長，就NIH撤消給予EHA對於冠狀病毒經過同行評審的研究經費表示擔憂–在需要公眾信任專家並採取集體行動時，這個撤消使科學政治化。情報界已經公開否定武漢病毒研究所是病毒來源的揣測，撤消研究經費事件將使科學界一向倚賴的國際合作被描述為一種威脅；是科學家，不是政治家決定申請經費案件的價值；請NIH將撤消經費一案的決策過程透明化，原決定必需立刻重新考慮。 2020/5/21有77位在生理學、醫學、化學、物理學場域工作的諾貝爾獎得主致函美國衛生及公共服務部（HHS）部長及國立衛生研究院（NIH）院長，表示在目前情勢下取消給EHA研究經費的理由是荒謬的，要求立刻徹底檢討導致取消經費的來由，然後採取適當步驟，矯正在取消經費時的不正義。 在美國聯邦政府於2020/4/24中斷資金協助後，由美國EHA、中國、新加坡研究人員組成的團隊，仍然在其他若干自然人與法人協助下繼續完成階段性研究，於2020/8/25在nature communications線上發表題為Origin and cross-species transmission of bat coronaviruses in China的論文。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7447761/ |
◆本文將2020/6/30 23:00「香港特別行政區維護國家安全法」落地實施一節之內容移至下一篇再簡單敘述。
2020/7/6大紀元時報報導，說根據英國星期日泰晤士報（The Sunday Times）的調查報導，2012年4月在中國雲南的一座銅礦礦井中，出現了一種與COVID-19病毒基因相似度高達96.2%的冠狀病毒。起初該病毒感染了6名被指派到礦坑中清除蝙蝠糞便的礦工，其中3人最終不治，武漢病毒研究所隨後對此展開為期一年的調查→2016年武漢病毒研究所發表論文《多種冠狀病毒在廢棄礦井的多個蝙蝠群落中共存》，研究者在論文中稱，發現了一種SARS冠狀病毒的新病毒株，並將該病毒命名為「RaBtCoV∕4991」；然而令人驚訝的是，論文中完全沒有提到病毒已至少感染了6人→2019年12月新冠病毒在武漢率先爆發…→2020年2月，武漢病毒研究所的石正麗在自然雜誌上發表一篇論文，題為《一種新型冠狀病毒的發現及其可能的蝙蝠起源》。文中將RaBtCoV∕4991重新命名為RaTG13，稱該病毒源自雲南馬蹄蝠，與造成大流行的病毒相似度高達96.2%。起初學者們認為需要數十年的時間，才能讓RaTG13累積足夠的突變，變成現在造成大流行的新冠病毒；當病毒改變宿主並進行適應時，突變速率會快得多，因此RaTG13可能已在人類中適應，其速率足以使它產生COVID-19。不應排除在實驗室中對RaTG13所做的研究工作，可能導致人工適應，這可能加快了30年～50年的突變速度。就新冠病毒的起源而言，RaTG13是最大的線索，但武漢病毒實驗室僅提供了很少的病毒樣本歷史信息；當武漢病毒實驗室被問及為何在幾個月前不公開RaTG13曾造成數名礦工死亡時，該實驗室不願作出回應。
◆上段敘述提到2個RaTG13演變為SARS-CoV-2的可能途徑：①2012年進入雲南一座銅礦礦井的人感染了RaTG13，然後在若干人體中經過若干代變異成為SARS-CoV-2。這個途徑理論上應該有人類染毒病例出現，但似乎從感染RaTG13的人類病例之後，再被注意到的有關連人類病例其所感染的病毒就是SARS-CoV-2了，這種基因組較大幅度的變異需要科學解釋。法國國家科學研究中心遺傳學家Virginie Courtier曾在2020年12月回應rfi採訪時說「這一病毒很可能早在2019年11月之前就已傳播給人類，並且在人群中悄然傳播而未被注意到，然後2019年11月在武漢發生自然突變後變得更具毒性…」（見下面方框內第3點後所連結的報導）②研究人員在實驗室中對RaTG13進行研究時，可能導致人工適應…。這是實驗室製造出SARS-CoV-2的「陰謀論」，石正麗博士和武漢病毒研究所已多次否認。◆對於2012年4月6位在雲南省墨江縣通關鎮一個廢棄礦場礦洞內工作的礦工，所感染肺炎（其中3位在醫院死亡）的原因，已知中國有3組或3個研究人員研究過，2個說是冠狀病毒感染、1個說是真菌感染。
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2020/7/15石正麗博士用電子郵件回答科學雜誌（Science Magazine）提出的一系列問題 在石博士對18個問題（第18題有12個子問題）的答覆中，本文摘錄若干重點： 1：根據石博士團隊和國際同行的調查結果，SARS-CoV-2非常可能起源於蝙蝠。雖然不能排除病毒直接從蝙蝠傳染給人類，但可能性很低；石博士傾向病毒可能在一種或多種中間宿主中演化，變得適應人類，並最終在人類中傳播。但仍然不清楚那些動物是中間宿主，以及它是如何傳染給人類的。 2：從HIV（愛滋病毒）的歷史經驗看，病情大爆發地有不是病源發生地的情況。◆病源發生地是病毒從非人類宿主溢出到人類的地方；石博士的意思是武漢未必是病源發生地。  來源：Wikiikipedia﹨HIV/AIDS 3：石博士團隊在湖北省做了多年的蝙蝠病毒監測，没有發現在湖北省包括武漢的蝙蝠帶有與新冠病毒密切相關的冠狀病毒，石博士不認為在湖北省包括武漢會發生新冠病毒從蝙蝠溢出到人類的情況。而且在雲南省墨江哈尼族自治縣通關鎮蝙蝠洞附近的居民都没有感染冠狀病毒，因此新冠肺炎零號病人是從上述廢棄銅礦區附近前往武漢的說法是錯的。 ◆一些研究人員對通關鎮蝙蝠洞中於2012年4月下旬發生的事故、以及該蝙蝠洞的情況有疑問，對疑問有興趣的朋友可閱讀法國國際廣播電台（Radio France Internationale–RFI）2020/12/28的報導： 新冠病毒溯源 嚴防外人靠近的雲南通關蝙蝠洞引發關注https://www.rfi.fr/tw/%E4%B8%AD%E5%9C%8B/20201227-%E6%96%B0%E5%86%A0%E7%97%85%E6%AF%92%E6%BA%AF%E6%BA%90-%E5%9A%B4%E9%98%B2%E5%A4%96%E4%BA%BA%E9%9D%A0%E8%BF%91%E7%9A%84%E9%9B%B2%E5%8D%97%E9%80%9A%E9%97%9C%E8%9D%99%E8%9D%A0%E6%B4%9E%E5%BC%95%E7%99%BC%E9%97%9C%E6%B3%A8◆就開放求真的科學研究而言，應該允許國際專家前往通關鎮蝙蝠洞及其附近、甚至同一礦山區域進行調查訪問及採樣研究。但在現實國際政治、人性、與商業競爭環境中，這種「應該」是理想狀態，本文懷疑美、英、德、法等先進國家能否經常做到這種「應該」？ 4：當初對華南海鮮批發市場進行環境和冷凍動物採樣後，做SARS-CoV-2核酸檢測時，只在譬如捲簾門把手、地面和污水等環境樣本中發現病毒（但病毒基因組數量很低），動物身上没有。該市場可能只是一個擁擠的地方，那裡有一群早期的新冠肺炎患者。 5：在對從武漢市與湖北省其他地方動物養殖農場所養殖的動物、以及家畜樣本進行檢測後，没有發現新冠病毒核酸。◆未回答有没有檢測到SARS-CoV-2 like viruses；應該會有嚴謹的抽樣與檢測報告，不曉得有没有提供給WHO新冠病毒溯源小組甚至公開？ 6：在没有確鑿證據之前，無法判斷最有可能發生人畜共患傳播的地點。◆提問者假設病毒傳播路徑有可能是動物間傳播→人畜共患傳播→人際傳播→… 7：由於自己（石博士）不是生物資訊學專家，没有計算RaTG13與SARS-CoV-2之間的演化距離；但認為自然宿主攜帶的冠狀病毒在演變為新冠病毒之前至少會經過1個中間宿主。穿山甲冠狀病毒、RaTG13、SARS-CoV-2的基因序列比較接近，可能有共同祖先，但自己無法確定穿山甲是自然宿主還是中間宿主。 8：自己没有直接或間接知道有其他動物發生可能由SARS-CoV-2親屬病毒導致的疾病。 9：在武漢爆發新冠肺炎後，研究小組曾收集了102隻流浪貓＋家貓的血清，其中15%有SARS-CoV-2抗體，家貓感染率和抗體滴度高於流浪貓；所以我認為很可能是人把SARS-CoV-2傳播給貓。需要進一步調查貓是否可能成為蝙蝠與人類的中間宿主，我們的實驗室没有繼續對貓進行研究。◆理論上會有研究人員繼續研究人→貓、貓→貓、貓→人、貓→其他動物傳播SARS-CoV-2的可能性，本文未關注。 10：全世界的科學家們壓倒性多數認為SARS-CoV-2來自自然界，不是來自任何機構。美國總統聲稱病毒由我們研究所洩漏，這個與事實完全不符的說法危害並影響了我們的學術工作和個人生活，他欠我們一個道歉。 11：2020/2/3我們在Nature發表一篇論文，報告SARS-CoV-2在全基因組水平與一種蝙蝠病毒RaTG13（我強調我們只有它的基因組序列，没有將其分離）有96.2相同。冠狀病毒約有30,000個核苷酸，比大多數動物的RNA病毒基因組來得大；對冠狀病毒來說，3.8%的基因組序列差異是顯著的。來自Scripps Research Translational Institute、以及Columbia、Tulane、Edinburgh、Sydney 4所大學的5位著名病毒學家3/18於Nature Medicine發表題為The proximal origin of SARS-CoV-2的論文，說儘管總體上RaTG13與SARS-CoV-2有96%相同，兩者刺突部在受體結合區域（receptor binding domain）不同。美國新聞網站VOX 4/23援引Sydney大學專長於病毒演化的Edward Holmes教授的話說「SARS-CoV-2與RaTG13兩者基因組序列的差異，相當於平均50年（至少20年）演化的改變」。蝙蝠攜帶的RaTG13與SARS-CoV-2，兩者的基因組在1,117個核苷酸位址上相異；自然演化需要很長時間來累積這麼多數量的變異。正好在這1,100多個位址上發生變異，使RaTG13變成SARS-CoV-2的可能性極小，因此RaTG13在自然界演化為SARS-CoV-2只是理論上的可能。同時，我們研究所進行的研究與實驗，無論是實驗室設施設備還是實驗活動，都嚴格遵循國際和國家的生物安全管理要求穩定運行，迄今未發生病原體洩漏和人員感染事故。 ◆上一段（第11點）是石博士回答自然雜誌第17個問題的內容摘譯，問答合起來表示了：①許多科學家分析SARS-CoV-2分子序列的結論是，没有實驗室製造的跡象；②包括石博士，許多科學家認為極不可能由目前所知，分子序列與SARS-CoV-2最接近的RaTG13，直接自然演變成為SARS-CoV-2；③武漢病毒研究所迄今未發生病原體洩漏和人員感染事故。 12：本文自石博士對自然雜誌「關於新冠病毒可能從武漢病毒所逃逸之12個子問題」的回答中，摘譯若干重點如下– –我們實驗室只從蝙蝠身上分離過3種（strain）基因組序列與SARS相同度達到95-96%的活病毒株，它們與SARS-CoV-2基因組序列的相同度低於80%；分離結果分別於2013、2016、2017在Nature、Journal of Virology、PLoS Pathogens發表。我們在實驗室中從生物樣本提取病毒RNA、測序大多在武漢進行。 –2018、2019年我們曾在研究所生物安全實驗室內，嚴格按照我國實驗室病原微生物安全管理規定，使用與SARS-CoV高相同度的冠狀病毒（SARSr-CoV），對活體小鼠和果子狸進行過轉基因（human ACE2 expressing）實驗。結果顯示蝙蝠SARSr-CoV可以直接感染帶有人類ACE2受體的果子狸和小鼠；對小鼠有低致病力、對果子狸没有致病力。我們正在整理實驗數據，很快就會公佈。 –近期我們對實驗室（◆原答文為the lab，單數，不是問題所問的someone associated with the institute）所有工作人員和學生做了血清檢測，無人感染SARSr-CoV或SARS-CoV-2。接著說To date, there is "zero infection" of all staff and students in our institute. ◆有報導石博士團隊有自己的獨立實驗室，僅部份實驗在P4實驗室進行。◆本文對問與答中someone associated with the institute、all staff and students、the lab、our institute的定義有困惑，對是否武漢病毒所所有現職＋所有2019/9/1後離職的工作人員包括學生等都做了血清（sera）檢測有疑惑。 –我們對所有收集到的蝙蝠樣本，包括肛門拭子（anal sswabs）、口腔拭子（oral swabs）、糞便樣本都進行了檢測，其中2,027份樣本呈冠狀病毒陽性，没有發現任何病毒的基因序列比RaTG13與SARS-CoV-2更相似。 –我們於2019/12/30收到7名患者的第1批樣本，使用可以檢測所有與SARS相關冠狀病毒的pan-coronavirus RT-PCR與quantitative RT-PCR進行檢測，發現5名患者的樣本呈陽性。12/31分析RT-PCR生成物的測序結果後，確認它是一種類SARS的新冠狀病毒；然後通過不同方法確認鑑定結果，並進行全長基因組測序，1/12經由WHO向全球公眾發佈了新冠狀病毒的基因組序列。◆不知道RT-PCR和quantitative RT-PCR有何不同？pan與非pan？◆有報導這次病毒基因組的完整測序是在上海一個P3實驗室自1/3開始進行；武漢病毒所應該不需要把樣本送到上海測序，如果此報導為真，不曉得送上海測序的原因是什麼？平行測序？ –我們用pan-coronavirus RT-PCR對2013年在雲南省墨江縣潼關鎮採集的一件蝙蝠糞便樣本進行檢測，得到它部份RdRp序列，因為與SARS-CoV相似度低，便未關注。2018年實驗室隨著次世代定序技術（Next Generation Sequencing–NGS ◆比傳統方法快約6萬倍）提升了測序能力，就利用剩餘樣本對病毒進一步測序，得到RaTG13除5’端15個核酸外的全長基因組序列。由於樣本被多次提取病毒核酸，在完成基因組測序後就没有多餘樣本了，因此没有做病毒分離等其他研究。在我們所收集的所有蝙蝠樣本中，只在1個樣本中檢測到RaTG13病毒。2020年我們將SARS-CoV-2序列與許多未發佈的蝙蝠冠狀病毒序列進行比對，發現它與RaTG13的同一性為96.2%。RaTG13從未被分離或培養。◆不曉得在加入5’端15個核酸後真正的全長基因組序列，會不會提高之前所得到RaTG13與SARS-CoV-2兩者基因組序列的相同度？◆理論上在1/12後應該會派比較多的人到潼關鎮採集蝙蝠及與蝙蝠有關的樣本，看能不能找到RaTG13、或與SARS-CoV-2相同度比RaTG13更高的病毒。◆由於各種原因，研究單位不對外公佈所有研究所得很正常。 –（提問說對GenBank進行blast analysis後，顯示石團隊2016年描述的BtCoV/4991 RdRp，與RaTG13 100%同源；BtCoV/4991是否就是RaTG13？如是，為何重新命名？）Ra4991是蝙蝠樣本的ID，RaTG13是在該樣本中檢測到之冠狀病毒的ID。更改名稱是希望反映樣本收集的時間和地點；13表示2013年採集、TG是樣本採集地點潼關鎮的縮寫。 –由於資金和人力的限制，我們不可能對所有樣本進行全基因組測序；希望在未來2年內對一些其他樣本進一步做冠狀病毒全長基因組測序。然而對於一些病毒核酸數量很少的樣本，就無法獲得其完整的病毒基因組序列。 –疫情爆發後我們並未被指示銷毀任何病毒。 –根據日常的學術交流與討論，我可以排除武漢疾控中心實驗室有意外洩漏病毒的情事。 –提問者問「有什麼我没問而你希望人們知道的嗎？」，以下是石博士的回答： 隨著全球不斷出現新傳染病，科學家們開始研究野生動物攜帶的病毒，這不僅可以對這類病毒所肇致的疾病提供早期警訊，同時還對這類疾病的預防工作提供重要的科學基礎；因此我與EcoHealth Alliance的總裁兼首席研究負責人（President and Principal Investigator）Peter Daszak合作進行研究，在發現病原體及病毒監測場域建立了良好的關係。我們的研究團隊在蝙蝠種群中發現了許多基因序列不同的冠狀病毒，其中有一些譬如SARS-related、MERS-related、SADS-related等等冠狀病毒具有傳播給人類和動物的可能性；這些發現為傳染病防控提供了重要線索。 我們不理解NIH（◆為何）終止對我們合作項目的資助，並覺得這絕對是荒謬的。這應該是個國際合作的項目，旨在聚集來自不同國家的科學家，共同探索傳染病的早期預警和預測，它將有助於疫苗設計與藥物開發，以保護我們免受冠狀病毒的威脅。 在過去的20年中，冠狀病毒一直在擾亂和影響人類的生活與經濟。我在此呼籲國際社會在共同研究新發病毒起源方面加強國際合作，希望全世界的科學家們能夠一起努力。尋找病毒源頭的目的是防止危害人類社會的類似疫情再次發生，同時若疫情爆發，我們可以更有效地應對。 註：在收到上述回復後，科學雜誌追問了2個問題，石博士回答如下– –我們没有就未發佈的冠狀病毒做過或合作過任何功能增益實驗。◆可能隨著對功能增益精確定義之不同，答案會不同。 –如同大多數地方一樣，我們在BSL-2或BSL-3實驗室進行冠狀病毒研究。在我們研究所的BSL-4實驗室投入運行後，按照BSL-4實驗室管理規定，以低致病性冠狀病毒為模型病毒，對BSL-4實驗室科研人員進行了培訓，旨在為開展高致病性微生物的實驗活動做準備。 COVID-19疫情爆發後，我國規定SARS-CoV-2的培養和動物感染實驗應在BSL-3或以上安全等級的實驗室進行。由於我們研究所BSL-3實驗室們不具備進行非人靈長類動物實驗的硬體條件，為開展上述研究，我們研究所已為武漢P4實驗室向政府部門申請並取得進行SARS-CoV-2實驗的資格，且已對恆河猴動物模型等項目進行研究；實驗活動由本所生物安全委員會依照生物安全法規監督。 ◆大家都知道一個好人在字面上没有說謊，他還是可能由於特定原因未陳述他知道的所有自認為無害的相關事實、也可能在科學討論中未羅列他知道的所有可能性…。◆就本文迄今觀察所及，直覺石正麗博士是位正直誠信的人。 ◆有興趣閱讀石博士回答全文的朋友可以點擊下列網址 Reply to Science Magazine https://www.science.org/pb-assets/PDF/News%20PDFs/Shi%20Zhengli%20Q&A-1630433861.pdf |
（待續）
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